Der politische Umbruch in den Jahren 1989/1990 mit dem Zerfall kommunistischer Regime im sowjetischen Einflussbereich Osteuropas brachte für Franziskanerinnen und Franziskaner eine neue Herausforderung. Öffentliche Seelsorge wurde wieder möglich, gleichzeitig wurden die Bitten um humanitäre Unterstützung zahlreicher und erreichten vor allem die Ordensoberen in Westeuropa.

Um diese steigende Zahl an Anfragen professionell zu koordinieren und zu bearbeiten, wurde 1994 das Hilfswerk 'Franziskaner für Mittel- und Osteuropa' gegründet. Ganz bewusst wollte man in dieser Zeit die Grenzen des Eisernen Vorhangs überschreiten und fokussierte seine pastoralen und sozialkaritativen Aufgaben daher auf die Staaten des ehemaligen Ostblocks. Die Nähe zur Zielregion begründete Wien als Standort. Pater Ulrich Zankanella OFM wurde mit der Gründung und dem Aufbau des neuen franziskanischen Hilfswerks beauftragt.

Mit Projektpartnern vor Ort ging man daran, zunächst Anliegen aus dem postkommunistischen Raum Europas und Nordasiens im Wiener Büro zu bündeln, zu bewerten und Möglichkeiten rascher Hilfe zu finden.

Um gesammelte Spendengelder effizient und transparent weiterzugeben, wurde von Anfang an eine professionelle Projektinfrastruktur geschaffen, die u.a. ein standardisiertes Projektantragsverfahren mit detailliertem Kostenvoranschlag und Finanzierungsplan, eine Projektvergabekonferenz und eine ordnungsgemäße Abrechnung vorsah.